DNA techniques for soil assessment

A géntechnikák a talajtanban is egyre elterjedtebbek a talaj élővilágának, főként a parányok közösségeinek jellemzésére.

A talajban élő összes mikroorganizmus együttes genomja a "metagenom" sokat elárulhat a talaj állapotáól, képességéről, a tettenérhető változások jó vagy rossz voltáról.

A talajban élő közösségek jellemzésére nemcsak maga a DNS, a genom alkalmas, hanem annak kifejeződésre képes része, a működő gének is, melyeket a talajból kimutatható összes RNS-en keresztül tudunk jellemezni, úgynevezett "transzkriptomics" vizsgálattal.

Ha tovább megyünk a sejtműködés útvonalán, akkor ezekből az RNS-ekből fehérje íródik át, a fehérjék összessége is jelentéssel bír, ezt a "proteinomics" molekulák mutatják meg számunkra, vagyis az összes, a talajt jellemző mikrobiális eredetű fehérje, annak ujjlenyomata vagy egyes jellemző molekulái.

A funkcionális fehérjék felelősek az anyagcseretermékekért, melyet a "metabolomics" névvel illetünk, és vagy az összes metabolit ujjlenyomatával vagy egyes jellegzetes metabolitok vizsgálatával közelíthetünk meg.

Tehát a talajjellemzőket analizálhatjuk a teljes "-omics" vizsgálatán keresztül, vagy az egyes, már ismert és indikátorként használható géneket, RNS-eket, fehérjéket vagy metabolitokat keresünk, esetleg ezekből összerakunk jelentéssel bíró csoportokat és azt keressük DNS- vagy RNS chipek segítségével.