A rizofiltráció olyan természetes alapú biotechnológia, melyben a növényi gyökerek és a velük szoros együttműködésben élő mikroorganizmusok játsszák a központi szerepet. Általában vízben, talajvízben, felszíni vízben vagy talajba kialakított drénrétegbe jutatott szennyvízben alkalmaznak rizofiltrációt, vagy a gyökérzóna általi kezelést. A rizofiltráció összetett mikrobiológiai és növényi folymaat, melynek első lépése a szennyezőanyagok gyökerek általi kiszűrése  a vízből.