A Madártani Intézmény által benyújtott védettségi javaslat nyomán a rezervátum gondolata 1958-ban végre testet öltött és az Országos Természetvédelmi Tanács a tó madártanilag legértékesebb, délnyugati felén 420 hektáros védett területet létesített. (165/1958. OTT számú rendelet) A terület az ornitológiai értékei miatt vált védetté. A rezervátumban fokozottan védett kezelés történik, aminek értelmében nem látogatható, csak külön engedéllyel. A 60-as évek második felében fedezték fel a területen található botanikai értékeket, amelyek gyakran egy helyen találhatók az egyéb védendő értékekkel. A tó területének egy hatod része védett, de ezen kívül vannak még Natura 2000-es területek – pl. a Velencei Madárrezervátum is ilyen. 1995 óta védelemre tervezett még jó pár terület a Velencei-tó nyugati részén. Ez mintegy 400 hektárnyi területet jelent. Sajnos a védett területek határa nem követi a természetes határokat, és ez problémákat okoz. Megnehezíti az ellenőrzést, illetve vannak olyan területek is, amelyek nem szorulnának védelemre, viszont sok olyan is van – pl. az úgy nevezett babás nádasok (külön álló kisebb nádas foltok) – amelyek védelmet igényelnek, de így kiesnek a védett területekből. 180-200 hektár úszólápi terület tartozik a rezervátumhoz, de több úszóláp van, amit védelem alá kellene helyezni. A terület jelenlegi védelmére a 158/2007. XII. 27.-es KvVM rendelet adja a jogszabályi hátteret.