BioCyc - Metabolikus útvonal és genom adatbázis

Source of the photo
www.biocyc.org
Author of the description
Benedek Judit

A BioCyc egy nemzetközi adatbázis gyűjtemény, amely egy elektronikus referencia forrás a különböző organizmusok genomjairól és metabolikus útjaikról. A készítők létrehoztak egy szoftvert, amely megjósolja a különböző szervezetek metabolikus útjainak elemeit a genom szekvenciájukból. Továbbá tartalmaz sok eredményt, számítási következtetési eljárást, melyek ezekre a genomokra vonatkoznak.

Az adatbázis nagyon könnyű keresést tesz lehetővé. Az adatbázisok a BioCyc gyűjteményen belül rendezve vannak, így könnyebb a keresés.

A tudósok arra használhatják az oldalt, hogy megjelenítsék az egyéni metabolikus utakat vagy megtekintsék egy szervezet metabolikus térképét.

A BioCyc gyűjteménynek vannak tag oldalai, melyek a következők:

- MetaCyc: új információkat tartalmazó, kísérleti úton megállapított metabolikus utak adatbázisa (metacyc.org).

- EcoCyc: egy tudományos adatbázis az Escherichia coli K-12 MG1655 baktériumhoz (ecocyc.org).

- HumanCyc: a Homo sapiens gén és metabolizmus enciklopédiája (humancyc.org).

- BsubCyc: egy model-organizmus adatbázis a Bacillus subtilis baktériumhoz (bsubcyc.org).

A kereső mellett összehasonlító elemzési eszközök is vannak a honlapon. Az oldal navigációs képességei lehetővé teszik, hogy a felhasználó egy enzim bemutatásánál megtekintsen egy olyan reakciót, amelyet az adott enzim katalizál, vagy azokat a géneket nézze meg, amelyek az enzimet kódolják. Nagyon sok minden alapján kereshetünk az oldalon, például összetevők, reakciók, gének vagy akár RNS alapján is.

Az oldalon jelenleg a 16.0 verzió fut (2012. február 16.), amely már 1763 adatbázist tartalmaz, beleértve 414 teljes baktérium genomot.

Az oldal felépítése nagyon áttekinthető. A felső részen (Home) egyszerűen lehet váltani a különböző tag oldalak között. Emellett útmutató is található az adatbázis gyűjteményhez, mely nagyon hasznos és jól átlátható (biocyc.org/BioCycUserGuide.shtml).

Az oldal készítője és üzemeltetője: SRI International, 333 Ravenswood Avenue, Menlo Park, CA 94025-3493

Source of description

www.biocyc.org

www.metacyc.org

www.ecocyc.org

www.humancyc.org

www.bsubcyc.org