A nagy áteresztőképességű (gyors, egyszerre 100 vagy több peszticidet meghatározó) módszer érdekessége, hogy acetonitrilt használ extrakcióra. Ez, a HPLC mintaelőkészítésben bevált, de a GC-ben kevésbé kedvelt poláris oldószer azért alkalmazható mégis, mert a GC-MS-MS technika nagy érzékenysége kis térfogatú injektálást tesz lehetővé.

A minta mátrix komponenseit (cukrokat, zsírsavakat, színanyagokat) primer és szekunder amin fázison kötjük meg a mintaelőkészítés során.