Az antibiotikum-rezisztencia a baktériumok azon tulajdonsága, hogy az antibiotikumok károsító hatására nem, vagy csak kevéssé érzékenyek. Egyes mikrobákra sosem voltak hatással a különféle antibiotikumok (természetes vagy elsődleges ellenállás), míg más baktériumok a természetes kiválasztódás következtében válnak ellenállóvá a gyógyszerekkel szemben (szerzett vagy másodlagos ellenállás).  A szerzett rezisztencia alapja a mutáció: a megváltozott gén megváltozott fehérjét kódol, mely különféle módszerekkel végsősoron az antibiotikum hatástalanságát okozza. A mutáns baktérium egyrészt továbbörökíti ellenálló-képességét az utódjainak, másrészt lehetőség van a baktériumok közötti horizontális génátvitelre is.

A cefalosporinok túlzott fogyasztása, a β-laktám antibiotikumok erőteljesen beszűkült hatékonyságához vezetett mind a Gram-pozitív, mind a Gram-negatív baktériumok körében. Az Egyesült Államokban a methicillin-rezisztens Staphylococcus aureus (MRSA) mára már gyakorlatilag csaklikopeptid antibiotikumokra érzékeny. A részben ebből fakadó parttalan vankomycin-kezelés miatt az egyik leggyakoribb izolátummá vált a vankomycin-rezisztens Enterococcus (VRE), ami néha semmilyen antibiotikumra sem érzékeny. Az USA egyes területein a penicillin-rezisztens Pneumococcusok gyakorisága 90% fölé emelkedett. Ezektől az adatoktól Magyarországon még szerencsére messze vagyunk, bekövetkeztüket is meg kellene előzni úgy, hogy azzal kezeljük a betegséget, amire érzékeny a  kórokozó.