A mikrobák közötti különbségtételt, illetve egyes sejtalkotó részek egymástól való megkülönböztetését és kimutatását általában összetett színezési eljárások és speciálisan kötődő szinezékek teszik lehetővé.
A Gram-színezés alapvető differenciáló festési eljárás. Lényege az, hogy a trifenil-metán típusú szinezékkel festett preparátumot jód oldattal kezelik, majd a képződött jódpararozanilin komplexet megkísérlik alkoholos mosással kivonni a sejtekből. A Gram-negatív szervezetek az alkoholos kezeléssel elszíntelenednek, a Gram-pozitív sejtek színesek maradnak. A Gram jelleg elsősorban a sejtfal felépítésében mutatkozó eltéréseket tükröz, de szerepe van a MG-ribonukleát jelenlétének vagy hiányának is. A sejtek Gram jellege a sejtek korával változhat, ezért a színezést célszerű fiatal tenyészetekkel végezni.
A Gram színezésalapja az, hogy egy szinezék két komponensével egymást követően kezeljük a sejteket, így a két komponens komplexe a sejtben áll elő. A komponensek kis méretüknél fogva átjut nak a sejtmembránon, a komplex viszont már akkora, hogy csak az áteresztőbb, Gram-negatív sejtekből lehet kimosni, a Gram-pozitívak végérvényesen színesek maradnak, mert vastag sejtfaluk nem engedi át a nagy a festélkoldat komplexét.
A Gram szinezés kivitelezése: a rögzített készítményt 1 percig kristályibolya vagy genciániboly oldattal színezzük, majd vizes öblítés után 1 percig Lugol oldattal kezeljük (káliumjodidos jódoldat) Ekkor alakul ki az ibolya szinezék jód-komplexe. Újabb öblítés után alkohollal vagy éter-alkohol eleggyel mossuk, hogy a komplex kimosódjék (ha a sejt engedi). Az alkoholos mosás után színtelenné vált sejtek jobb láthatósága kedvéért a peparátumot utánfestjük, egyszerű festéssel. A differenciáló színezés után a Gram-pozitív sejtek sötét kékes-ibolya színűek, a Gram-negatív sejtek rózsaszín-piros színüek lesznek.
A saválló festés főleg Mycobacteriumok kimutatására szolgál. Ezek nagy lipidtartalmuk miatt a szokásos színezési eljárásokkal nehezen festhetőek, de fenol és melegítés hatására a fukszint erősen megkötik és azt sósavas alkoholos kezelés után is visszatartják
A spóraszínezés alapja az, hogy a spórák a színezőanyagokat a szokásos színezési eljárásoknál nehezen veszik fel, az agresszív módszerekkel megfestett spórák viszont a színezéket erősen kötik és az így kezelt preparátumban alkoholos vagy savas kezelés hatására csak a vegetatív sejtek színtelenednek el.
BME Vegyészmérnöki Kar Tanszéki Munkaközösség (1993) Ipari mikrobiológiai gyakorlatok, (Szerkesztő: Puskás, A.) Műegyetemi Kiadó, Budapest