A mikroorganizmusok minőségi meghatározásánál vizsgálhatjuk az adott mikroorganizmus mikromorfológiai bélyegeit és vagy az anyagcseréjét, valamint az ezeket meghatározó geneteikai hátterét is. A DNS bázissorrendje határozza meg a róla átíródó mRNS bázissorendjét és az mRNS-ről "fehérje-nyelvre" lefordítódó aminosavak sorrendjét. Ezek a fehérjék lehetnek struktúr- enzim- vagy egyéb funkciót betöltő fehérjék, pl.: raktárfehérjék, transzportfehérjék, kontraktilis fehérjék, hormonok, neurotranszmitterek, véralvadási faktorok és az immunválasz antitestjei. A struktúrfehérjék határozzák meg a mikrrorganizmusok mikromorfológiai tulajdonságait, az enzimfehérjék pedig az anyagcsere-utakban játszanak szerepet. Így a mikroorganizmusok mikromorfológiai tulajdonságainak - melyeket eddig mikroszkóppal vizsgáltunk - megismerhetjük a genetikai hátterét, valamint az anyagcsere vizsgálatát célzó biokémiai tesztek eredményei is párhuzamba vonhatóak a genom által meghatározott anyagcseremintázattal.