Az MT3D⁹⁹, 3D tömegtranszport modell, vegyi anyagok advektív, diszperziv és kémiai reakciók útján való terjedésének modellezésére felszínalatti vizekben. A program felépítése moduláris, és a transzport folyamatokat együtt, vagy külön-külön tudja szimulálni: advekció, diszperzió, első-rendű lebomlás, kémiai reakciók, és lineáris és nem-lineáris szorpció. Az MT3D⁹⁹, a USGS (United States Geologic Survey) három-dimenziós szivárgáshidraulikai modelljéhez, a MODFLOW-hoz kapcsolt, és alkalmazása rendkívül könnyű egy olyan grafikus elő- és utófeldolgozó programmal, mint amilyen a Visual MODFLOW Premium. 2D vagy 3D áramlási rendszerekben a szennyezőcsóvák terjedésének ideális modellező eszköze.

Az MT3D⁹⁹ modell input állományai kompatibilisek a szabványos MODFLOW input állományokkal, beleértve a három-dimenziós áramlási tereket kutakkal, drénekkel, folyókkal, utánpótlódással, evapotranspirációval és a peremfeltételek sokaságával. A program beolvassa a modell elmentett nyomásértékeit, valamint a szivárgási és nyelő-/forrástényezőket, és automatikusan beépíti a megadott peremfeltételeket.

Az MT3D⁹⁹ moduláris felépítése hasonló a MODFLOW-hoz, és lehetővé teszi a nyelő/forrás keveredés, a kémiai reakciók, az advekció és a diszperzió egymástól független modellezését anélkül, hogy a fel nem használt opciók miatt lefoglalná a számítógép memóriáját.

Az MT3D⁹⁹ csomag tartalmaz egy utófeldolgozó programot, amely a koncentráció áttörési görbék és a kontúrábrák Surfer-el vagy más nyomtatóprogrammal való feldolgozásához és kinyomtatásához nyújt támogatást. Az eredmények legjobb megjelenítését olyan grafikus elő- és utófeldolgozó programmal lehet megoldani, mint amilyen a Visual MODFLOW Premium.