A BioCyc egy nemzetközi adatbázis gyűjtemény, amely egy elektronikus referencia forrás a különböző organizmusok genomjairól és metabolikus útjaikról. A készítők létrehoztak egy szoftvert, amely megjósolja a különböző szervezetek metabolikus útjainak elemeit a genom szekvenciájukból. Továbbá tartalmaz sok eredményt, számítási következtetési eljárást, melyek ezekre a genomokra vonatkoznak.
Az adatbázis nagyon könnyű keresést tesz lehetővé. Az adatbázisok a BioCyc gyűjteményen belül rendezve vannak, így könnyebb a keresés.
A tudósok arra használhatják az oldalt, hogy megjelenítsék az egyéni metabolikus utakat vagy megtekintsék egy szervezet metabolikus térképét.
A BioCyc gyűjteménynek vannak tag oldalai, melyek a következők:
- MetaCyc: új információkat tartalmazó, kísérleti úton megállapított metabolikus utak adatbázisa (metacyc.org).
- EcoCyc: egy tudományos adatbázis az Escherichia coli K-12 MG1655 baktériumhoz (ecocyc.org).
- HumanCyc: a Homo sapiens gén és metabolizmus enciklopédiája (humancyc.org).
- BsubCyc: egy model-organizmus adatbázis a Bacillus subtilis baktériumhoz (bsubcyc.org).
A kereső mellett összehasonlító elemzési eszközök is vannak a honlapon. Az oldal navigációs képességei lehetővé teszik, hogy a felhasználó egy enzim bemutatásánál megtekintsen egy olyan reakciót, amelyet az adott enzim katalizál, vagy azokat a géneket nézze meg, amelyek az enzimet kódolják. Nagyon sok minden alapján kereshetünk az oldalon, például összetevők, reakciók, gének vagy akár RNS alapján is.
Az oldalon jelenleg a 16.0 verzió fut (2012. február 16.), amely már 1763 adatbázist tartalmaz, beleértve 414 teljes baktérium genomot.
Az oldal felépítése nagyon áttekinthető. A felső részen (Home) egyszerűen lehet váltani a különböző tag oldalak között. Emellett útmutató is található az adatbázis gyűjteményhez, mely nagyon hasznos és jól átlátható (biocyc.org/BioCycUserGuide.shtml).
Az oldal készítője és üzemeltetője: SRI International, 333 Ravenswood Avenue, Menlo Park, CA 94025-3493
www.biocyc.org
www.metacyc.org
www.ecocyc.org
www.humancyc.org
www.bsubcyc.org