CSB.DB - Átfogó rendszerbiológiai adatbázis

Kép forrása
http://csbdb.mpimp-golm.mpg.de/csbdb/home/databases.html
Leírás szerzője
Lenti Fruzsina

A Comprehensive Systems-Biology (CSB.DB) egy olyan rendszerbiológiai adatbázis és szolgáltatás, amelynek segítségével közelebb kerülhetünk a gének, a metabolitok és proteinek funkcióinak megismeréséhez. Az oldal célja, hogy fenntartsa és tovább építse ezt a rengeteg adatot átfogó biológiai adatbázist.


A jelenlegi CSB.DB változat szerint a nyilvános adatbázis három fő részre osztható. Az első rész magában foglalja a statisztikai elemzések során alkalmazott expressziós profil adatokat, amelyek a különböző microarray technológiai platformok segítségével készültek. Ezt a részt Co-Response Database-nek hivják, amely a gén-gén korrelációkat mutatja be egy prokarióta (Escherichia coli: EcoCoR@CS.DB), egy eukarióta növény (Arabidopsis thaliana: AthCoR@CSB.DB) és egy eukarióta (Saccharomyces cerevisiae: SceCoR@CSBDB) modelljének segitségével. A Single Gene Query Page (sGQ) alkalmazás lehetővé teszi, hogy a felhasználó egy gént bevigyen a rendszerbe és az megadja az összes lehetséges pozitív és negatív társítható gént. Az eredményeket statisztikai paraméterek formájában adják meg, ilyen például a valószínűség, a konfidencia intervallum és az alkalmazott vizsgálat teljesítménye. Ezek számítása az alkalmazott vizsgálati módszer korrelációs koeffíciensének segítségével történik.


 Az adatbázis második része az analítikai technikákra fókuszál, amíg a harmadik része (CSB.DB Associated Web Pages) az adatbázishoz kapcsolódó oldalakat tartalmazza, mint például a Plant Subtilase Database (PSDB)

Az Arabidopsis thaliana gén-gén korrelációs adatbázisa - AthCoR@CSB.DB
Az adatbázis az Arabidopsis thaliana organizmus modelljének segítségével mutatja be az eukarióta növények gén-gén korrelációs adatait.


A Saccharomyces cerevisiae gén-gén korrelációs adatbázisa -SceCoR@CSB.DB
Az adatbázis a Saccharomyces cerevisiae organizmus modelljének segítségével mutatja be az eukarióták gén-gén korrelációs adatait.


Az Escherichia coli gén-gén korrelációs adatbázisa - EcoCoR@CSB.DB
Az adatbázis az Escherichia coli organizmus modelljének segítségével mutatja be a prokarióták gén-gén korrelációs adatait.


A Golm Metabolome Adatbázis (GMD)- GMD@CSB.DB
A GMD nyílvános hozzáférést biztosít az egyes metabolitokhoz tartozó saját tömeg-spektrumokhoz, a metabolit azonosításhoz alkalmazott kísérleteket és egyéb fontos információkat tudhatunk meg a metabolomika területéről.


A Növényi Szubtiláz Adatbázis - PSDB
A PSDB alapvető információkat tartalmaz a gén funkciókról és a növényi szubtilizin-szerű szerin proteázok (szubtilázok) kísérleti vizsgálatok eredményeiről

Szerző által felhasznált források

http://csbdb.mpimp-golm.mpg.de/csbdb/home/databases.html