Biocatalysis/Biodegradation Database, University of Minnesota

Kép forrása
University of Minnesota
Leírás szerzője
Csúcs Laura

University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database a Minnesotai Egyetem Biokatalízis és Biodegradációs Adatbázisa, mely 213 lebomlási útvonalat, 1461 reakciót, 1357 vegyületet, 963 enzimet, 522 mikroorganizmusokkal kapcsolatos bejegyzést, 250 biotranszformációs törvényszerűséget, 50 szerves funciós csoportot, a naphthalén 1,2-dioxigenáz 76 és a  toluén dioxigenáz 109 reakcióját, valamint az adatbázis grafikus összefoglalását tartalmazza.

 

A honlap célja összegyűjteni és bemutatni a biotechnológiák számára is fontos kémiai anyagok és egyéb xenobiotikumok enzim-katalizált lebomlását és reakcióit, hiteles forrásból, könnyen átláthatóan és ingyenesen téve közzé ezeket az adatokat.

Az adatbázis egy 1995-ös kezdeményezésből indult ki, mely eleinte a Minnesotai Egyetem diákjainak házi feladataiból állt, melyben nemzeti és nemzetközi adatbázisok, mérvadó irodalmi források eredményeit gyűjtötték és vetették össze, kiegészítve saját kutatómunkájukkal. Ezt a munkát folytatták tovább az egyetem tanárai és diákjai önkéntesként, nemzetközileg elismert szakemberek segítségével és felügyeletével, akik szintén önkéntesként dolgoznak a projekten. Az adatbázis megbízhatóságát a felhasználókis tovább javíthatják, az esetleges hibák, hiányosságok, más adatbázisokkal való ellentmondások és hasonló problémák bejelentésével.

Az oldalon a "Search" menüpont alatt (http://umbbd.msi.umn.edu/search/) a felhasználóknak lehetőségük van vegyületek, funkciós csoportok vagy enzimek nevei illetve CAS regisztrációs kódjuk alapján keresni, ezen felül elérhető a listás böngészés is.
Az egyes anyagok adatlapján először egy rövid összefoglaló olvasható az adott vegyület vagy funkciós csoport tulajdonságairól, szerepéről a természetes közegekben és a biotechnológiában. Ezután következik maga  a lebomlási vagy reakciós sor, szöveges, vagy grafikus formában. Minden köztes termékhez tartozik egy hivatkozás, mely az adott termék hasonló szerkezetű adatlapját hozza elő.

A honlapon helyt kap a Path Prediction System (Útvonal Előrejelző Rendszer,http://umbbd.msi.umn.edu/predict/) is, mely a biodegradáció törvényszerűségei alapján jósolja meg egy vegyület katabolikus (tápanyaglebontási) lebontási útvonalát, különböző színnel jelölve a valószínűbb és a kevésbé valószínű kimeneteleket. Az alkalmazás elindítása előtt lehetőség van egy demo lefuttatására, amely jól illusztrálja a rendszer működését.

A harmadik adatbázis a Biochemical Periodic Tables, vagyis biokémiai periódusos rendszer. Ez áttekintést nyújt a mikrobák kölcsönhatásairól különböző esszenciális és nem esszenciális kémiai elemekkel. Az adatok a hagyományos, illetve a spirális elrendezésű periódusos rendszerből is kinyerhetőek, mely utóbbi azért különleges, mert a hidrogént helyezi a középpontba és az elemeket biológiai jelentőségük alapján rendezi. Az egyes elemek adatlapján láthatjuk a mikroorganizmusokkal létesített öszes kapcsolatot és kölcsönhatást, a szakirodalmak, tudományos lapok alapján. 

Az oldalon megtalálhatóak az egyes bejegyzések szerzői, forrásai, utolsó frissítésének ideje, illete az adatbázisokon kívülelérhetők a külső és belső érdekeltségű önkéntesek és támogatók névsora, az oldal hírei, publikációk, külső linkek, illetve a gyakran ismételt kérdések is.

Szerző által felhasznált források

http://umbbd.msi.umn.edu/index.html