Az ökoszisztéma szűkebb értelemben azonos időben és azonos helyen előforduló populációk együttese, melyek mind egymással, mind a környezet abiotikus részével képesek fizikai, kémiai, biológiai kölcsönhatásba lépni.
A földrajzi kiterjedés, illetve az ökoszisztéma határok szerint megkülönböztethetünk lokális, regionális vagy globális ökoszisztémát, környezeti elem szerint vízi és szárazföldi ökoszisztémát, a vízi ökoszisztémán belül is érdemes megkülönböztetni a tengeri és az édesvízi ökoszisztémát.
Az ökoszisztémán belül jellegzetes és bonyolult együttműködések, egymásra épülések, táplálékláncok léteznek, időben pedig szabályszerűségek és trendek. Az ökoszisztéma egészét ritkán vizsgáljuk, egyes ökoszisztéma-tagok viselkedéséből prognosztizálunk az egész ökoszisztémara.
Méretét tekintve az ökoszisztéma lehet mikroökoszisztéma egy mikrokozmoszban, lehet helyi jellegzetességekkel bíró lokális ökoszisztéma, tájegységek, kontinensek vagy az egész Föld ökoszisztémája.
Az ökoszisztéma tágabb értelemben nemcsak az élőközösséget jelenti, hanem annak élőhelyét is, azt az abiotikus környezetet, mellyel kölcsönhatásban él, melyben az elemek, az energia és az információ áramlik. A Föld ökoszisztémája alatt a Föld teljes ökológiai rendszerét értjük az élőlényekkel, illetve közösségeikkel és a környezeti elemekkel, fázisokkal, elem-, víz-, anyag és energiakörforgalmakkal.