A törzsfák felrajzolása tuljadonképpen hasonlóságok és különbségek alapján történik. Amikor a fajok fejlődését , egymáshoz való viszonyát igyekszenek kideríteni figyelembe veszik az élőlények viselkedésbeli, morfológiai, biokémiai és újabban természetesen genetika jellemzőit.
Tulajdonképpen a morfológiai és biokémiaia jellemzők is visszavezethetőek a genetikai jellemzőkre, de a hagyományos evolúciókutatás − mely a törzsfejlődés vizsgálatának első eredményeit, az első törzsfákat megalkotta − még nem élhetett a gének közvetlen vizsgálatának eszközével.
Ez azt is jelenti, hogy a törzsfa, vagyis a fajok fejlődésének fája, a fa szerkezete, elágazásai nagyban függenek az alkalmazott vizsgálati módszerektől.A vizsgálati módszer és a vizsgált jellemző alapján lehet közös más szempontból távol álló fajokban is. A képen látható fa példáuzl a citokróm-c szerkezetének hasonlósága alapján szerkesztette meg a fát és rendezte el rajta a vizsgált élőlényeket.
A hagyományos, főleg morfológiai alapon történő filogenetikai (rokonsági, közös eredetre vonatkozó összefüggések alapján történő) osztályozást a biokémiai jellemzők vizsgálhatóvá válásával gyakran megcáfolták a molekuláris tények, és kiderült, hogy látszólag hasonló fajok nagyon is távol állnak egymástól az őket alkotó molekulák tekintetében. A modern géntechnikák pedig drasztikusan felülírták az addigi törzsfákat. A baktériumok világában például "kő kövön nem maradt", amikor a géntechnikák beléptek a mikroorganizmusok rokoni kapcsolatainak felderítését szolgáló eszköztárba.