Amikor hasznos mikroorganizmusokról beszélünk, főként baktériumokat és gombákat említhetünk meg. Ezeket a mikroorganizmusokat hasznos munkára foghatjuk, de anélkül is végzik az ember és az ökoszisztéma számára hasznos tevékenységüket, hogy valójában tudatában lennénk.
Az emberi szervezetben számtalan helyen élnek olyan baktériumok, melyeknek nagy szerepe van az egyensúly fenntartásában, a normál flóratag kifejezést is használják rájuk. A bőrünk felszínén és egyéb nyálkahártyákon tejsavbaktériumok alakítják ki az enyhén savas pH-t. Savas pH-n ugyanis számos kórokozó baktérium szaporodása gátolt. Bélrendszerünkben a táplálék lebontásáért felelősek egyes baktériumfajok. Nem véletlenül javasolt probiotikumokat alkalmazni antibiotikumos kúrák után, mivel azok nem csak a kórokozókat, hanem a hasznos baktériumokat is elpusztítják.
Szinte minden élelmiszeripari eljárásnál felhasználnak mikroorganizmusokat! Gondoljuk csak végig, a bor-, sör- és pálinkakészítésnél is az ún. pékélesztőnek köszönhető az alkoholos erjedés. A kenyértészta szintén a pékélesztő által termelt széndioxid gáztól lazítódik meg, másnéven megkel. A klönböző sajtok is attól különböznek, hogy milyen mikroorganizmusok alakítják ki jellegzetes ízüket. Szinte mindenki találkozott már azzal a jelenséggel, hogy a bögrében felejtett tej megalvad. Ez a tejsavbaktériumok számlájára írható.
Ma már a vegyszeriparban oldószereket, a gyógyszeriparban gyógyszereket állítanak elő a különböző baktériumtörzsekkel.
Manapság már kezdik felismerni, sőt kihasználni a környezetvédelemben is a mikroorganizmusokat, hiszen lebontó tevékenységük révén a veszélyes szennyeződések mértéke is jelentősen csökkenthető.